Dopo aver fatto la trafila delle giovanili nell’Atalanta, Pelizzoli ha esordito tra i professionisti nel ’99 con la Triestina in C2 per poi fare ritorno a Bergamo e giocare gran parte del campionato in massima serie. Dopo questa esperienza, Franco Sensi, allora presidente della  Roma, lo vuole fortemente, quì resta 4 stagioni, ma un brutto infortunio al termine dell’ultima ne compromette la conferma. Nel 2005 viene ceduto alla Reggina allenata da Walter Mazzarri, l’inizio è promettente, ma ancora guai fisici lo condizionano facendogli perdere il posto da titolare rimanendo fermo a lungo.

Nel gennaio del 2007 tenta l’esperienza russa, chiamato dal Lokomotiv Mosca, con cui firma un contratto di 4 anni, il suo cartellino viene pagato 3 milioni di euro. L’esperienza non è delle più felici, dopo un buon inizio finisce in panchina e il 31 agosto 2009 passa in prestito con diritto di riscatto all’AlbinoLeffe, in Serie B. Al termine di una stagione fatta più di ombre che di luci non viene riscattato dal club seriano, tornando così in Russia. Nell’agosto 2010 viene ceduto a titolo definitivo al Cagliari, l’anno seguente viene chiamato dal Padova dopo essere rimasto senza contratto. Esordisce con i veneti alla prima di campionato ma la sua stagione sarà un continuo alternarsi con Mattia Perin che dimostra di essere un giovane promettente.

Ironia della sorte, entrambi passano a Pescara in serie A la stagione seguente, ma con Perin scelto titolare e Pelizzoli a fargli da secondo. Nel girone di ritorno è chiamato spesso in causa come titolare, offrendo buone prestazioni, ma questo non basta ad evitare la retrocessione in serie B.

Nella passata stagione, 2014-2015, passa all’Entella, firmando un contratto annuale, ma a novembre si procura un grave infortunio ad una spalla, tornerà tra i convocati solo nelle ultime partite chiudendo l’esperienza in Ligura con 12 presenze e 15 gol subiti e la conseguente retrocessione, poi sfumata per il ripescaggio nella serie cadetta.